As Missões de Acompanhamento proporcionam uma oportunidade para rever os progressos dos países durante o ciclo de um projecto e prestar assistência intensiva em aspectos específicos de implementação. O ideal é se estas missões forem realizadas quando a recolha de dados estiver bastante avançada para poderem ajudar a orientar o Grupo de Trabalho Nacional no sentido do encerramento do ciclo do projecto. Contudo, de vez em quando poderão ser necessárias numa fase anterior do processo, como quando os países enfrentam desafios institucionais significativos ou outros desafios que colocam o projecto fora do trilho.
Consequentemente, os termos de referência não são genéricos, visto que teriam de ser adaptados ao conjunto específico de desafios que um país possa enfrentar.
As tarefas tratadas durante esse tipo de missões poderão incluir a revisão e o fortalecimento de arranjos institucionais.
Também tratam de aspectos de monitorização, análise e políticas tais como:
A missão também actualizaria os resultados da avaliação das capacidades nacionais.